嵩屿外围战斗
嵩屿位于厦门岛西岸，是九龙江入海口北岸的一个小半岛，东西长约4公里，南北宽约2公里，形成起伏丘陵，半岛南临九龙江，北、东两面濒临厦门岛，相隔不过1海里。东隔海峡与鼓浪屿呼应，国民党军以55军29师87团守备。作为厦门西面的桥头堡，国民党军设防重点是半岛与陆地连接的瓶颈部，通往漳州、角尾的公路从此经过。
国民党守军依托丘陵，修筑钢筋混凝土堡与土木地堡阵地。又将筑垒丘陵北坡削成陡壁，以深壕、铁丝网、鹿砦加以掩护，嵩屿是厦门岛外围的最后一个要点，是国民党军侧翼和海上通道的重要屏障。因为双方都意识到了嵩屿的价值，在战斗中进行了反复争夺。
9月20日夜，31军91师272团沿漳厦公路进军，攻击嵩屿外围的火烧山。原来想借助黑夜一举攻克阵地，由于对前沿阵地国民党军设防情况不明，部队以野战进攻动作对筑垒阵地攻击，遭到有组织火力拦击。战斗中第2营指挥员思想麻痹，随意打信号弹联络暴露目标，国民党军以排炮轰击，解放军伤亡较大。第3营发起攻击后，同样由于思想轻敌、组织不严密、地形不明而遭到火力拦击，到拂晓时仅攻占1个碉堡，被迫停止攻击。
21日中午，91师师长高锐与干部重新进行侦察和部署，仍以272团担任主攻，调273团助攻。筹集4艘小船，运送18个战士从嵩屿背面登陆，实施突袭。经过两天准备，24日下午再次攻击，272团又遭到国民党军火力阻击，伤亡惨重，建制被打乱，攻坚器材损失，战斗陷入僵局。师首长了解到两个团的突击情况后，命令272团增强突击力量，继续进攻，令273团2营改变突破口，对京口岩组织突击。
当夜，272团2营再次攻击受挫，营长阵亡，教导员负伤。而273团2营突破成功。主力1营随后迅速进入突破口，向纵深发展。此时，秘密渡海的18名战士从海沧出发，利用夜色绕过前沿的山角，偷渡至嵩屿背面，选择隐蔽的地点靠岸。登陆后迅速接近嵩屿无名高地，居高临下做好战斗准备。
25日凌晨1时左右，当事先约好的信号弹升起后，18名战士一起动手向下面投掷集束手榴弹，用机枪猛烈扫射。躲藏在战壕里的国民党军被打得晕头转向。272团看到山头上开火，随即发起正面冲锋，前后夹攻，终于在25日凌晨攻下了这个据险顽抗的桥头堡。解放军突破敌前沿后，国民党守军便开始撤退，大部逃往厦门岛。
嵩屿战斗从9月20日开始至25日结束，共歼灭国民党军235人。而91师牺牲272团副参谋长张钦芝、2营长高泽民以下88人，伤1208人，失踪76人。
嵩屿战斗虽然结束了，但第91师以伤亡多名指挥员和千余人的代价攻占了国民党军外围一个桥头堡，国民党守军还能从容撤退，高锐师长认为是一次“得不偿失的击溃战”。
其教训主要是从上到下的麻痹轻敌。自漳厦战役开始，解放军只看到漳州等处国民党军整师、整团不战而逃，没想到国民党军会在嵩屿半岛上进行顽抗。
另外，各级指挥员没有认真勘察地形，据272团事后给上级的报告说:战前团指挥员从角尾出发，在龙门岭上简单观察了一下，认为嵩屿工事简单，没什么难打的，不了解嵩屿半岛三面环水的丘陵地带这一地理特点和国民党守军利用地势构成坚固、复杂的防御系统。
半岛丘陵地形也是91师第一次遇到。这种地形和阵地的特点是不便于攻方以火炮和机枪摧毁其前沿火力点及掩护突击的。由于对这次战斗的敌情、地形特点未做认真周密的侦察判断，仓促发起攻击，以野战攻击弱敌的打法进攻国民党军的坚固工事。攻击队形又密集混乱，以致出现了几次攻击受挫的不利局面，这是一次严重的教训。
三野首长的担忧
厦门、金门国民党军外围据点被扫清后，第10兵团的下一步任务是集中全力会攻金门、厦门两岛，争取漳厦战役的全胜。为此，10兵团政治部在9月28日发布命令指出:“会攻金厦，是全役的结局战，也是我兵团在福建地区最后一次规模较大的正规战斗。”为此，要求全体指战员继续努力，歼灭残敌，以伟大胜利作为对开国大典的贺礼。
“命令”指出:“从平潭战斗至目前为止，我连续解放闽南、闽西南县城五座，重要市镇与沿海要塞三十多处，歼敌近两万人。但残敌正困守金门、厦门及其外围各岛，准备在海上对我作绝望的抵抗。我们必须以英勇顽强的战斗，去消灭敌人，从敌人手中夺取金厦要塞;夸大渡海作战的困难，与认为敌人‘不打自垮’与‘一登陆便万事大吉’的两种倾向都是错误的、有害的。”
从这个命令我们看到:上级要求各部反对的第一个错误倾向是“夸大渡海作战的困难”，而不是重视渡海作战问题。这就反映了10兵团领导没有意识到海上登陆作战的复杂和困难性，而是充满了乐观和轻敌的情绪。9月26日，叶飞在泉州召开有各军、师长参加的作战会议，研究夺取厦门、金门的作战部署。会上提出了三个方案。叶飞回忆:
金厦并取——可以造成国民党指挥及兵力火力的分散，使其顾此失彼，可求全歼；但征集船只问题一时难以解决。
先金后厦——可以形成对厦门的完全包围，暴露厦门的侧背防御弱点，便于乘隙攻击；问题是厦门国民党军已有逃跑迹象，先攻金门，厦门的国民党军就有可能逃走，不能全歼。
先厦后金——当面敌情清楚，距离近，便于准备，攻击易于奏效，但一旦厦门攻下，金门的国民党军可能逃跑，不可能全歼敌军。
权衡再三，大家认为：国民党军虽然在拚命作顽强固守的准备，但也显露其恐慌动摇的心理。比如，汤恩伯总部后方和厦门补给司令部移到小金门，巡防处也从厦门移至金门总部，军级以上指挥机关移至军舰上办公；技术兵团等撤往台湾。等等迹象来看，汤恩伯并没有坚守厦门的决心，应该趁敌军士气瓦解之际，一鼓作气，同时攻下金厦。会议并决定：由第28军担任攻取金门，第29军和第31军两军担任攻取厦门的任务。
但是，在战前准备过程中，找船成了最大的问题。原29军85师253团政治部主任张茂勋回忆:“当时我们战前准备工作最大的困难是没有船，也没有船工。团党委指定参谋长王剑秋负责找船，指定我负责做船工的思想工作。那时闽南刚刚解放，沿海渔民觉悟不高，有的把船藏起来，有的人也躲起来。
我记得只有一位年轻人主动开来一条两檐两篷的船。经过几天努力，全团才找来不到十条船，还不够装两个营。找来的船工也没有积极性。他们大多数吸毒成癖，每天要吸鸦片烟、吸白面，离开吸毒什么事也干不成。当时中央人民政府刚成立，还来不及在全国禁毒，新解放区还有毒品卖。为了渡海作战，我们没有办法，只好买毒品给他们吸，使他们提起精神来。”
各部队找船的情况都是如此，10兵团司令部10月上旬检查备战情况，29军有三个团的船只，31军有三个多团的船只，而28军只有一个多团的船只！
10月3日叶飞给三野司令部的电报中说:“泉（州）永（宁）地区工作基础不强，再加语言不通，船工逃跑和躲避现象非常严重。现我预备以大力加强船工领导教育，并已开始训练水手。”因船只问题不可能在短期内得到解决，叶飞只好改变原定方案，决定先攻厦门，然后攻金门。
10月7日把这一决心报三野司令部。当时陈毅司令员和粟裕副司令员都在北京参加开国大典和新政协会议，参谋长张震在上海住院动手术，在南京值班的首长只有政治部副主任唐亮、代参谋长袁仲贤等人。他们看了10兵团的电报，感觉有些不安。
11日给叶飞司令员、韦国清政委回电:
“虞（7）日电于灰（10）日收悉。同意你们来电部署，依战役及战术要求，最好按来电同时攻歼金、厦两地之敌。但请你们考虑，根据金、厦两地之敌兵力及敌之内部情况（刘汝明、王修身之关系如何？）及我方准备程度（尤其是船只），如以五个师攻厦门（有把握）同时以二个师攻金门，是否完全有把握？
如考虑条件比较成熟，则可同时发起攻击;否则是否以一部兵力（主要加强炮火，封锁敌舰，阻援兵与截逃）钳制金门之敌，首求攻歼厦门之敌。此案比较稳当，但有使金门之敌逃跑之最大坏处。究如何，请你们依实情自行决定之。总以充分准备有把握的发起战斗为宜。”
这是一封很重要的电报。三野首长特别强调了船只准备问题和两个师攻金门兵力是否够用的问题，提醒10兵团首长加以重视。
总部希望10兵团在充分准备和有把握的情况下发起战斗，但唐亮、袁仲贤知道，他们的地位和资历不如叶飞，虽然是以上级名义发电，但远不如陈粟首长的话有分量。所以电报是商量的口气，并请叶飞“依实情自行决定之”。而叶飞在连连取胜的形势下，没有把这封电报当回事。
10月13日，10兵团正式下达了攻取厦门和金门的命令。